Nell'Europa dell'Est vaste aree naturali risultano ancora intatte, al contrario di quanto avviene nell'Europa occidentale dove queste sono state spesso distrutte decenni fa. Dalla caduta del comunismo, BirdLife Svizzera è stata coinvolta in grandi progetti in Ungheria e Bulgaria, oltre che in numerosi progetti in altri Paesi, per preservare questi valori naturali. Ad esempio, BirdLife Svizzera ha sostenuto l'acquisto di oltre 5 chilometri quadrati di preziose zone umide e ha promosso innumerevoli progetti individuali per regioni e specie. In Bulgaria, BirdLife Svizzera ha contribuito alla creazione di due centri di protezione della natura, Poda e Majarovo, che godono oggi di fama internazionale. La collaborazione tra BirdLife Svizzera, Pro Natura e la DDC ha portato all'attuazione del grande programma bulgaro e svizzero di conservazione della biodiversità, che si è concluso con successo nell'estate 2004 dopo dieci anni di attività.
Negli ultimi due decenni, BirdLife Svizzera si è concentrata sulla Slovacchia e sulla Georgia, pur continuando a sostenere progetti particolarmente meritevoli caso per caso. In Slovacchia, BirdLife Svizzera ha patrocinato la Società per la protezione degli uccelli in Slovacchia SOVS (BirdLife Slovacchia) fino al 2014 e ha sostenuto anche progetti di conservazione per la zona umida di Senné, la Ghiandaia marina e l'Otarda. In Georgia, BirdLife Svizzera ha contribuito alla creazione del partner BirdLife SABUKO. BirdLife Svizzera ha inoltre co-iniziato e sostenuto il programma Caucaso di BirdLife International.
Nell'ambito del contributo svizzero all'allargamento ai nuovi Paesi dell'UE, BirdLife Svizzera ha sostenuto attivamente i seguenti progetti:
- Bulgaria: “Protezione della natura e sviluppo agricolo sostenibile nelle montagne di Stara Planina”
- Polonia: “Avifauna nei Carpazi polacchi: censimento e protezione delle specie-chiave di uccelli”
- Slovacchia: progetto sul tema dell'uso sostenibile del territorio e della promozione della biodiversità
- Due progetti in Ungheria: “Protezione sostenibile dei siti Natura 2000” e “Rendere popolari i gioielli naturali nei comuni e proteggerli in modo sostenibile”.
Nel 2023, BirdLife Svizzera ha sostenuto un progetto di rivitalizzazione in Ucraina:
